ศูนย์วิจัยและพัฒนาได้ถูกจัดตั้งขึ้นภายใต้การดูแลของโรงพยาบาลพระนครศรีอยุธยา โดยมีเป้าหมายสำคัญเพื่อเป็นกลไกเสริมการบริหารจัดการความรู้ในรูปแบบต่างๆ รวมถึงงานวิจัยที่นำไปสู่การพัฒนาระบบสุขภาพ และเพื่อช่วยขยายผลความรู้จากการวิจัยในโรงพยาบาลและเครือข่าย สู่การพัฒนาระบบสุขภาพทุกระดับ รวมทั้งจัดทำกิจกรรมเพื่อสนับสนุนแผนงานที่เกี่ยวข้อง